2008年，哈尔滨工程大学软件学院获黑龙江省教育厅正式批复组建。2021年软件学院获批国家级首批特色化示范性软件学院。学院充分发挥学校“船海”特色与优势学科方向，以大型船舶工业软件为切入点，以特色化软件人才培养为目标，以深度校企合作为软件人才质量提升的突破口，形成了“船舶领域导向、理论实践并举、校企深度合作、多维协同育人”的办学特色。为适应软件产业发展对人才的迫切需求，按照“办学层次化、运作企业化、管理专业化”的办学模式，坚持“高起点、国际化、面向产业、打造特色”的办学理念，产学研紧密结合，致力于培养具有国际竞争能力的高素质、工程型、复合型软件高级人才。学院拥有软件工程一级学科博士点，设有软件工程“国家级一流本科专业”，且通过了工程教育认证。人才培养方案以厚基础、重创新、体现国际化为特色。在夯实学生基础的同时，大力提高学生的实践创新能力，为用人单位输送本领域高层次卓越人才。
   学院瞄准“大型船舶工业软件”国家重大战略需求，在先进数值算法和数字处理技术、CAE集成框架底座等方面形成显著优势与特色，处于国际领先或先进水平。2016年以来，学院牵头承担科技部国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点项目、工信部重大工程项目等重大科技计划项目以及省、部、委和行业龙头企业委托项目共200余项。发表学术论文500余篇。获得国家发明专利授权100余项。出版学术著作和教材近20部。作为牵头单位与主要参研单位获得国家科技进步奖二等奖1项，省部级科技进步一等奖2项、中国造船协会科技进步特等奖1项。打造了全球首座数值水池—中国数值水池虚拟试验系统、国内首个“自主开源CAE集成框架FastCAE平台”（入选2025年示范性软件联盟“十大关键软件技术创新成果”）。